经过短暂修整和准备，万历十六年四月十六日，朱翊钧着天子冠服，率太子、文武百官过泮水桥自棂星门进入孔庙，以帝王之尊祭孔。天子祭天，先拜棂星，孔庙建此门意思很简单——尊孔如尊天。
此际的棂星门乃木制结构，四楹三间，雕梁画栋不必细表。进此门后，三座牌坊依次而立。
朱翊钧抬头看时，第一座牌坊为嘉靖时任山东巡抚曾铣手书的太和元气坊。点头对太子叹道：“写此牌坊的是曾铣，曾石塘，你可知他的事迹？”
太子露出不好意思的表情答道：“儿臣不知。”
因没有详细解说的时间，朱翊钧只是做出结论道：“曾铣志在立功，身遭重法，虽有严嵩等辈构陷的原因，也有世宗做事虎头蛇尾，诿过于下的缘故。”
旁边众臣听了，面面相觑。听朱翊钧对太子道：“为人君者，谋定而后动，动则不移。如今变法大兴，与父皇与中兴郡王两个一直初心不改的推动分不开。如果遇到困难就想着绕道，那什么事情都做不成。”太子躬身应了，众臣这才恍然，心知这是皇帝在抓住时机宣示变法大政，同时教导太子。
君臣边走边看，见各处桥梁阶级，焕然鼎新，杏坛碑额，彩绘描金。殿阁规模壮丽，工艺精致，足称瞻仰。
朱翊钧对衍圣公和山东巡抚李戴道：“朕此番祭孔，决定突然，你们在这么短的时间内准备的如此周全，足见平日里功夫下到了。”两人听玉音褒奖，忙躬身谢恩。
及到了大成殿前广场，皇帝携太子到侧边寝殿休息，大臣按序排班，内臣与衍圣公府整理祭品，并舞班、乐师俱都做好了准备。待吉时一到，祭孔大典开始。
首开帝王祭孔的是汉高祖刘邦。公元前195年，汉高祖刘邦过鲁，以太牢祀孔子，并诏诸侯、公、卿、将、相至郡，先谒庙而后从政。刘邦不但开后世帝王祭孔之先河，而且开了后世帝王令地方长官上任前先谒孔庙后从政之先河，有点任前宣誓就职的意思。
刘邦之后，到过曲阜孔庙祭孔的大概有十几位皇帝，离朱翊钧最近的是拉低了封禅泰山档次的宋真宗，明代皇帝从没有来过孔庙本庙祭孔。
因此，典礼仪式只能参考前代——汉高祖、光武帝、唐高宗、唐玄宗这些皇帝的祭礼：无非具三牲，天子用八佾的乐舞，演奏金声玉振，古朴悠扬的韶乐，吟唱孔子德侔天地、道贯古今的颂词，走迎神、初献、亚献、终献、撤撰、送神这些流程而已。
唯一要请皇帝定夺的，就是朱翊钧是否跪拜孔子——据礼部考证，汉代皇帝大概率是跪拜孔子的，因为那时候中国人行礼多用跪拜；但唐代、宋代皇帝是否跪拜孔子没有详细记载，这事儿必须皇帝定夺。
朱翊钧此前听王锡爵的请示，略一沉吟道：“按我朝制度，朕祭天用三跪九叩之顶礼；孔子乃至圣先师，不如天、也不及列祖列宗。朕见老师，躬身而已，见先师神位，用一跪三叩为宜。”
王锡爵听了这话，扑通一声跪下道：“皇上尊孔至矣！天下士人闻之，不归心者不如禽兽也！”说完，激动的呜呜哭了好几声。
自从嘉靖初年首辅张璁拆毁天下孔子塑像以来，各地孔庙祭孔只有神主牌可用。朱翊钧按照设计好的流程，对着孔子牌位跪地叩首——文武百官无不感动到热泪盈眶。参加乐舞的孔氏族学的学生也激动不已，恨不能当时就死了来报答君恩。只有少数几个大臣嘴角噙着冷笑，看皇帝在哪里演戏收聚天下士子之心。
待庄严肃穆的典礼结束，主持典礼的孔尚贤已经大感疲劳。但年富力强的皇帝却兴头头的，用午膳前，对衍圣公道：“朕欲与皇后、太子细览，你等安排一下。”顿一顿又道，“待游览毕，朕与太子在诗礼堂听你讲读经文，诸臣陪同。”
孔尚贤听了，木呆呆应了。按此前礼部定好的流程，皇帝祭孔还有一个程序是到孔林孔子墓前祭奠，但皇帝口含天宪，他说什么就是什么，衍圣公也没有置喙的余地，只能赶紧安排人通知衍圣公夫人等去行宫接皇后并陪同前来。
这边陪着皇帝与太子用膳后，衍圣公才得空出来，问自家人道：“速去孔林看看，有没有犯了忌讳的东西？怎么好端端的，皇上不去了？恐有小人作祟也。”
孔尚坦听了，先安排管家去看，随后不放心，自己一溜小跑去了。在牌坊、石桥等皇帝要走的路上看过，见皇帝扈卫早就将前后围护住了，没什么异状。
及走到“大成至圣文宣王墓”石碑前，孔尚坦突然想起了什么，脸色微变，扭头就往回跑。到了衍圣公跟前，低头附耳说如此如此。